Démêler les séquences d'ADN portées par les vésicules membranaires de Streptomyces coelicolor

Rapports scientifiques volume 12, Numéro d'article : 16651 (2022) Citer cet article

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Les vésicules membranaires (MV) sont des particules sphériques aux dimensions nanométriques et caractérisées par la présence de diverses cargaisons, telles que des acides nucléiques, des protéines, des lipides et des métabolites cellulaires. De nombreux exemples de (micro)organismes produisant des VM sont rapportés dans la littérature. Parmi eux, les MV bactériens présentent un intérêt particulier car ils sont désormais considérés comme le quatrième mécanisme de transfert horizontal de gènes. Les bactéries Streptomyces sont bien connues pour leurs rôles écologiques et leur capacité à synthétiser des composés bioactifs, Streptomyces coelicolor étant l'organisme modèle. Il a été précédemment démontré qu'il peut produire des populations distinctes de MV caractérisées par différentes cargaisons de protéines et de métabolites. Dans ce travail, nous avons démontré pour la première fois que les MV de S. coelicolor portent à la fois de l'ADN et de l'ARN et que leur contenu en ADN représente l'intégralité du chromosome de la bactérie. Ces résultats suggèrent que l'ADN du MV pourrait jouer un rôle dans l'évolution des génomes de Streptomyces et que les MV pourraient être exploités dans de nouvelles stratégies d'ingénierie des souches.

Les vésicules membranaires bactériennes (VM) sont des particules sphériques et membraneuses d'un diamètre nanométrique et leur cargaison comprend diverses macromolécules - telles que des acides nucléiques (ADN et ARN), des lipides et des protéines (c'est-à-dire des enzymes et des toxines) - et de petites molécules - telles que des cellules métabolites, signaux et molécules bioactives (c.-à-d. antibiotiques)1,2,3,4. La libération de MV peut faciliter de nombreuses fonctions biologiques telles que l'absorption des nutriments, la compétition, la survie, la réponse au stress, la communication intercellulaire et le transfert horizontal de gènes (HGT)1,3,5. Dans le contexte du HGT, qui est reconnu comme l'un des moteurs majeurs de la formation des gènes et des génomes et de leur évolution6, les MV peuvent jouer un rôle (très) important. Les principaux mécanismes étudiés de HGT chez les procaryotes sont la transformation, la conjugaison et la transduction6,7. Cependant, ces dernières années, les VM ont été considérées comme le quatrième mécanisme de HGT, appelé vésiduction5,8,9,10. En effet, différents types de matériel génétique, tels que l'ADN chromosomique, plasmidique et/ou phagique, ainsi que les ARNs, ARNm et miARN, ont été détectés à l'intérieur des MV ou en association avec leur membrane5,8,9,11. L'occurrence de HGT médiée par les MV a été observée dans de nombreuses études : par exemple, Klieve et al. de ces MV pour restaurer une activité métabolique spécifique dans les souches mutantes12. De plus, il a été rapporté que les MV transféraient des plasmides entre différentes souches 13,14 et une cargaison d'ADN dans des cellules hôtes eucaryotes 15.

De plus, l'ADN extracellulaire (eDNA) est un composant important de la matrice du biofilm bactérien permettant l'adhérence cellulaire dans les premiers stades de la formation du biofilm. Dans les cellules planctoniques de Streptococcus mutans, l'ADNe est également libéré par un mode indépendant de la lyse impliquant les MV. Ainsi, l'ADNe dans les MV des cultures planctoniques peut jouer un rôle dans le stade précoce de la formation du biofilm favorisant la colonisation bactérienne. De plus, il est rapporté que l'ADNe du MV influence l'intégrité structurelle et la stabilité du biofilm16.

Seules 4 % des études sur les vésicules membranaires procaryotes menées entre 1972 et 2021 concernent les MV des bactéries Gram-positives17 : en effet, on a longtemps supposé que les bactéries Gram-positives ne pouvaient pas produire de vésicules, faute d'une membrane externe. couche membranaire et la présence de parois cellulaires épaisses1. Ces dernières années, les MV à Gram positif ont attiré davantage l'attention et leur libération a été démontrée dans des souches pathogènes et non pathogènes, telles que Staphylococcus spp., Bacillus spp., Lactobacillus spp. et Streptomyces spp.4,18,19, 20,21.

Streptomyces est un genre de bactéries Gram-positives filamenteuses omniprésentes dans les milieux terrestres et marins, où elles peuvent vivre en symbiose, par exemple, avec des plantes, des champignons, des insectes et des éponges22 : adaptation à des niches écologiques aussi diverses et interaction avec d'autres ( micro)organismes ont conduit à la diversité chimique particulière de leurs métabolites bioactifs, dont la production est régulée par un réseau complexe de signaux environnementaux, tels que la pénurie de nutriments et la présence de concurrents22,23,24. Les streptomycètes ont un cycle de vie complexe car le mycélium d'une colonie est formé de types cellulaires distincts (c. avec division du travail, en raison de la présence de sous-populations de cellules mutantes qui se caractérisent par des délétions et/ou des amplifications dans les bras de leurs chromosomes linéaires, et qui hyperproduisent des antibiotiques aux dépens de leur propre fitness25,26.

Chez ces bactéries, la conjugaison est le mécanisme de HGT le plus étudié, car il est étudié depuis les années 1950 avec des expériences impliquant des souches prototrophes et des mutants auxotrophes27,28,29. Une caractéristique particulière de la conjugaison chez Streptomyces est la formation de ce qu'on appelle des pocks : lorsque les spores d'une souche porteuse d'un plasmide étaient co-cultivées avec un excès de spores de la souche réceptrice, des zones circulaires de retard de croissance dans le tapis mycélien du receveur étaient observé30. Le phénotype pock a été associé au transfert de plasmide car le plasmide donneur a été trouvé dans les cellules formant le pock30. De plus, alors que dans les bactéries unicellulaires, les plasmides conjugatifs sont transférés sous forme d'ADN simple brin du donneur au receveur via un système de sécrétion de type IV impliquant plusieurs protéines, la conjugaison de Streptomyces consiste en le transfert d'ADN double brin et d'une protéine codée par le conjugatif. plasmide (c'est-à-dire TraB) est nécessaire31,32,33,34,35,36.

Streptomyces coelicolor est considéré comme l'organisme modèle pour l'étude des Streptomycètes. Nous avons très récemment démontré que S. coelicolor cultivé dans des cultures liquides libère des MV de différentes tailles et avec des cargaisons protéiques et métaboliques spécifiques4. Cependant, il n'est pas encore clair si des fragments d'ADN spécifiques ou l'ensemble des séquences génomiques de Streptomyces peuvent être portés par les MV. L'objectif de ce travail était donc de réaliser le séquençage et l'analyse de l'ADN purifié à partir de MV de S. coelicolor afin de vérifier si l'ADN chromosomique entier pouvait être associé aux MV.

Deux populations principales de MV, à savoir les MV F3 et F4, ont été isolées et purifiées à partir de cultures liquides de S. coelicolor selon le protocole rapporté dans Matériels et Méthodes. Ces deux populations de MV ont été précédemment caractérisées : en plus d'avoir des diamètres différents (les tailles moyennes étaient d'environ 100 nm et 200 nm en F3 et F4, respectivement), elles différaient également par la composition de leurs cargaisons de protéines et de métabolites4. Les six fractions de gradient ont été directement chargées sur un gel d'agarose à 1 % (p/v) et cette analyse par électrophorèse a révélé la présence de trois bandes principales : deux bandes plus petites correspondant à environ 900 bp et 500 bp, respectivement, et une bande de poids moléculaire plus élevé. d'environ 19 ko (Fig. 1). Selon des travaux antérieurs, F3 et F4 ont été choisis pour des investigations supplémentaires car ce sont les fractions de gradient les plus enrichies en MV4,37. De plus, la présence de MV dans F3 et F4 a été confirmée par analyse de diffusion dynamique de la lumière (DLS) (Fig. S1 supplémentaire).

Analyse électrophorétique des acides nucléiques associés aux fractions F3 et F4 des MV de S. coelicolor. M : marqueur de poids moléculaire ADN IV (Roche).

Les intensités relatives des trois bandes ont montré un schéma opposé entre les deux populations MV : en F3, la bande de 19 kb est apparue plus brillante par rapport aux autres, tandis que dans la fraction F4, les intensités des bandes de 900 bp et 500 bp étaient plus fortes. que la bande de haut poids moléculaire. Afin d'identifier les acides nucléiques présents dans les fractions F3 et F4, ils ont été traités soit avec la RNase, soit avec la DNase. Les données obtenues ont révélé que les deux bandes plus petites des deux fractions correspondaient à l'ARN, tandis que l'acide nucléique de poids moléculaire élevé était l'ADN (Fig. 2 supplémentaire).

Des expériences de PCR visant à identifier le contenu en ADN de F3 et F4 ont été réalisées en amplifiant des portions de gènes cartographiés dans différentes régions du chromosome de S. coelicolor. À cette fin, katA2, catC, dnaK, hrdB et rrnB ont été choisis comme gènes cibles (Fig. 2).

Carte du chromosome S. coelicolor A3(2) M145. Les positions de katA2, catC, dnaK, hrdB et rrnB sont rapportées. La carte a été préparée avec le logiciel SnapGene Viewer en utilisant la séquence de S. coelicolor A3(2) disponible dans GenBank avec le numéro d'accession AL645882.2.

Les données obtenues ont révélé que cinq amplicons de la taille attendue avaient été obtenus à partir des deux fractions, ce qui suggère que la teneur en ADN de F3 et F4 reflétait le chromosome de S. coelicolor (Fig. S3 supplémentaire).

Afin de vérifier quelles régions du chromosome de S. coelicolor étaient associées aux MV, un séquençage de nouvelle génération (NGS) de l'ADN de F3 a été effectué : F3 a été choisi pour cette analyse car il s'agissait de la fraction la plus enrichie en ADN. Le séquençage de l'ADN a donné 7 692 359 séquences d'extrémité de paire, dont 3 831 272 ont réussi l'étape de rognage. 411 contigs ont été obtenus lors de l'étape d'assemblage, avec N50 = 62 711 bp, GC% = 72,18 %, et une longueur totale de 8 580 830 bp. Seuls les 255 contigs de plus de 1000 bp et représentant un total de 8 545 699 bp, ont été utilisés pour l'échafaudage supplémentaire, qui a été réalisé à l'aide du logiciel MeDuSa (voir Matériels et méthodes). L'échafaudage résultant contenait un seul contig de 8 558 499 pb avec GC% = 72,07% et 128 lacunes. L'analyse de l'identité moyenne des nucléotides (ANI) a confirmé que le génome assemblé appartenait à S. coelicolor : en effet, 13 génomes de référence sur 15 avaient une valeur ANI > 99,9 %, comme indiqué dans le tableau supplémentaire S2. Les deux valeurs ANI les plus basses étaient probablement dues à la qualité des génomes de référence correspondants ; en effet, ils avaient un plus grand nombre de contigs et des valeurs N50 plus petites (tableaux supplémentaires S1–S2).

Lorsque les lectures de séquençage ont été cartographiées sur la séquence chromosomique de référence de S. coelicolor A3 (2) (Fig. 3), l'analyse a montré que les lectures couvraient l'ensemble de la séquence du génome, comme le suggèrent les données de PCR.

Cartographie des lectures de séquençage sur la séquence chromosomique de référence de S. coelicolor A3(2). (A) Couverture de séquence du chromosome S. coelicolor A3(2). (B) Zoom de la région comprise entre les positions 5 100 000 et 5 130 000 du génome de référence AL645882.2.

Il est à noter que, alors que la couverture de lecture moyenne était de 117,5X, une région du chromosome d'environ 17 kb (de la position 5 106 161 à 5 122 930 du génome de référence avec le numéro d'accession AL645882.2) était surreprésentée, avec une couverture moyenne locale de 1288.5X et comprenant les 25 ORF répertoriés dans le tableau 1.

Dans l'ensemble, ces données ont démontré que le contenu en ADN de la population MV est représentatif de l'ensemble du chromosome de S. coelicolor.

L'objectif de ce travail était de séquencer et d'analyser la cargaison d'ADN transportée par les MV de S. coelicolor car nous avons démontré pour la première fois que deux principales populations de MV isolées à partir de cultures liquides de S. coelicolor contiennent des acides nucléiques. En particulier, l'une d'elles (c'est-à-dire la fraction F3) est enrichie en ADN et l'autre (c'est-à-dire la fraction F4) en ARN. De plus, le séquençage de l'ADN a démontré que l'ADN porté par les MV de la fraction F3 est représentatif de l'ensemble de S. coelicolor. Ce résultat est en accord avec des travaux antérieurs sur les vésicules membranaires externes (OMV) de Pseudomonas aeruginosa et Dinoroseobacter shibae, montrant la présence du génome entier dans les OMV15,38 : de plus, il a été montré que chez D. shibae une région spécifique de l'ADN de son chromosome était surreprésenté, rappelant le schéma observé ici chez S. coelicolor38 ; cependant, alors que dans le cas de D. shibae, cette région comprenait l'extrémité de réplication (ter) de son chromosome circulaire et que la surreprésentation pourrait être due à la réparation d'ADN surrépliqué, il n'est toujours pas clair si cet enrichissement de séquence a une signification biologique dans le cas de S. coelicolor. Par exemple, cette région du chromosome de S. coelicolor n'inclut ni l'origine de réplication (oriC), dont la position est 4 269 853–4 272 747 dans la séquence de référence39, ni les sites de liaison ParB connus (c'est-à-dire parS) qui cartographient dans un ~ Région de 400 ko centrée sur l'oriC40.

Dans l'ensemble, ces découvertes renforcent le concept selon lequel la production de (O)MV pourrait représenter un mécanisme HGT répandu, englobant à la fois les bactéries Gram-négatives et Gram-positives, et contribuant à l'évolution des gènes et des génomes. Le genre Streptomyces est l'un des principaux producteurs de composés bioactifs, y compris les antibiotiques utilisés pour traiter les infections humaines ; ainsi, la présence d'ADN chromosomique dans les MV de S. coelicolor présente un intérêt pertinent. En effet, les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) font généralement partie de grappes de gènes biosynthétiques et peuvent se propager dans l'environnement et être acquis, directement ou indirectement, par d'autres bactéries, y compris des agents pathogènes. À cet égard, Jiang et al.41 ont suggéré la possible HGT des ARG de Streptomyces à Proteobacteria, y compris les pathogènes41.

Différentes études suggèrent que l'ADN peut être localisé dans la lumière et/ou à la surface des VM : dans les deux cas, indépendamment de sa localisation, l'ADN semble être capable de médier l'HGT9,15,42. Même en cas d'ADN associé à la surface des (O)MV, il a été démontré que cet ADN est impliqué dans le HGT : par exemple, il a été rapporté que le traitement à la DNase des OMV de Porphyromonas gingivalis altère l'efficacité du transfert de gènes8,43. La localisation de l'ADN associé aux MV dépend probablement de leur biogenèse, qu'il s'agisse de cellules viables ou mourantes : par exemple, dans ce dernier cas, l'ADN pourrait également être associé aux MV en se collant à la surface des vésicules libérées44. Ce type de chargement de cargaison pourrait être probable chez Streptomyces, car la mort cellulaire programmée est connue et exerce un rôle pertinent dans la différenciation morpho-physiologique de ces bactéries45,46.

Trois mécanismes possibles de HGT médiée par le MV ont été proposés : (i) le MV se rapproche de la cellule cible et l'ADN à sa surface est acquis par la cellule par compétence naturelle ; (ii) le MV associé à la membrane de la cellule cible subit une lyse et l'ADN est acquis par compétence naturelle ; (iii) la membrane MV fusionne avec celle de la cellule cible et la cargaison est ainsi délivrée dans la cellule42,47.

Le rôle de l'ADN du MV dans l'évolution du génome est tentant et prometteur ; cependant, comme l'ADN peut être localisé sur la surface externe des MV, il ne peut pas être exclu a priori que l'ADN puisse principalement exercer une fonction architecturale dans la formation des MV et/ou fournir le support mécanique pour le maintien de la forme une fois les MV sécrétés. De plus, l'ADN de Streptomyces MV pourrait jouer un rôle dans la promotion de l'adhésion des cellules mycéliennes aux substrats organiques et inorganiques ou dans l'interaction cellule mycélienne déterminant la formation de pinces et de culots dans les cultures liquides48. Il ne faut pas s'étonner que l'ADN des MVs puisse exercer d'autres fonctions que la HGT : en effet, on sait que, dans les cellules humaines, l'ADN associé aux vésicules extracellulaires peut avoir de multiples rôles, comme l'induction de réponses inflammatoires et immunitaires en activant la signalisation pro-inflammatoire. voies respiratoires et le maintien de l'homéostasie cellulaire par la clairance de l'ADN endommagé qui pourrait induire l'apoptose49.

Outre le rôle physiologique de l'ADN associé aux MV, de nouvelles méthodes de transformation et applications biotechnologiques pourraient tirer parti du conditionnement et de la livraison de l'ADN par les MV, en particulier dans le cas des bactéries récalcitrantes aux méthodes de génie génétique plus diffuses. A cet effet, des travaux futurs devraient identifier les mécanismes moléculaires participant à la sélection de l'ADN lors de la production des MVs.

Nous sommes parfaitement conscients que plusieurs questions restent ouvertes. En effet, il convient de préciser, par exemple, si chaque MV contient (au moins) une copie entière du chromosome, s'il est fragmenté ou non, et s'il est lié et emballé par des protéines. Malgré cela, à notre avis, ce travail représente une avancée importante pour la compréhension des mécanismes responsables de l'évolution des espèces bactériennes, en particulier pour les espèces dont le génome est complexe, comme celui de Streptomyces. Il est tout à fait possible que l'ADN intégré dans les MV de S. coelicolor soit suffisamment long pour contenir des grappes de gènes responsables d'une ou de plusieurs voies métaboliques. Si tel est le cas, les génomes de Streptomyces et/ou d'espèces plus proches pourraient subir des changements évolutifs rapides en acquérant de longs tronçons d'ADN et en rendant la polyvalence métabolique des bactéries appartenant à ce genre particulièrement cohérente.

La souche utilisée dans cette étude était Streptomyces coelicolor A3(2) M145 (génotype SCP1− SCP2−)50. 108 spores ont été inoculées dans 30 ml de milieu J50, pour la culture des graines, et incubées pendant 30 h à 30 ° C sous agitation (200 tr/min). La biomasse collectée a été lavée deux fois avec de l'eau stérile et remise en suspension dans 30 mL d'eau stérile. Ensuite, 10 mL de la suspension bactérienne ont été inoculés dans 500 mL de milieu minimal [NaNO3 (1 g/L), MgSO4·7H2O (0,5 g/L), KCl (0,5 g/L), KH2PO4 (1 g/L) , glucose (10 g/L), solution d'oligoéléments (1 mL/L), pH 7 ; solution d'oligoéléments contenait FeSO4·7H2O (1 g/100 mL), ZnCl2 (1 g/100 mL) et de la biotine (0,1 g/100 mL)] (MM)51, dans une fiole à chicane de 2 L, et incubée à 30 °C pendant 136 h, sous agitation à 180 tr/min. Les vésicules membranaires de S. coelicolor ont été isolées et purifiées comme décrit précédemment4. En bref, le surnageant de culture a été filtré puis concentré à l'aide d'un système d'ultrafiltration Amicon avec un filtre d'exclusion de 100 kDa (Millipore). Ensuite, il a été soumis à des centrifugations séquentielles à 4 000 et 15 000 g pendant 15 min à 4 °C pour éliminer les agrégats. Le surnageant restant a été ultracentrifugé à 100 000 g (SW 40 Ti Rotor, Beckman Coulter) pendant 1 h à 4 °C. Le culot a été mis en suspension dans une solution saline stérile tamponnée au phosphate (solution saline tamponnée au phosphate de Dulbecco - DPBS - sans Ca2+ et Mg2+) et mélangée avec la solution OptiPrep (Sigma-Aldrich) pour obtenir une solution OptiPrep finale à 35 % v/v. Un gradient de densité OptiPrep à six couches (35, 30, 25, 20, 15 et 10 % v/v) a été mis en place dans un tube d'ultracentrifugation de 14 mL et a été ultracentrifugé à 140 000 g pendant 16 h à 4 °C (SW 40 Ti Rotor, Beckman Coulter). Les six fractions du gradient de densité (F1 à F6) ont été collectées et diluées avec du DPBS stérile et ultracentrifugées à 38 400 g (SW 55 Ti Rotor, Beckman Coulter) pendant 2 h à 4 ° C. Les culots ont été mis en suspension dans 0,2 ml de DPBS stérile. 10 μL des six fractions ont été visualisées sur un gel d'agarose à 1 % (p/v). F3 et F4 ont été utilisés pour les procédures ultérieures, car ils contenaient des MV comme démontré précédemment4. Une analyse DLS a été effectuée pour confirmer la présence de MV avant de procéder aux expériences.

5 μL de MV F3 et F4 ont été traités avec 1 U de DNase I recombinante, sans RNase (Roche), en incubant les échantillons à 37 °C pendant 30 min, en présence du tampon de réaction fourni et dans un volume final de 10 μL. Le traitement à la RNase a été réalisé à l'aide de 5 μL de MV F3 et F4 et de Rnase A (Roche), utilisée à la concentration finale de 10 ng/mL dans 10 μL ; dans ce cas, l'incubation a été réalisée à 37 °C pendant 1 h. Les échantillons traités et non traités ont été comparés en chargeant la même quantité de MV sur un gel d'agarose à 1 % (p/v) (10 μL d'échantillons traités et 5 μL d'échantillons non traités, respectivement).

Des aliquotes de 10 ul de MV F3 et F4 ont été traitées avec de la DNase I recombinante, sans Rnase (Roche) ou avec de la Rnase A (Roche) en suivant les instructions du fabricant. Lors des traitements, les échantillons ont été analysés par électrophorèse sur gel d'agarose à 1 % (p/v) dans un tampon Tris-Acétate-EDTA (TAE) 1X. MassRuler DNA Ladder Mix, prêt à l'emploi (Thermo Scientific) a été utilisé comme échelle d'ADN.

Les gènes SCO7590 (katA2), SCO0560 (catC), SCO3671(dnaK), SCO5820 (hrdB) et SCOr06 (rrnB) ont été amplifiés à partir d'échantillons MVs à l'aide des ensembles d'amorces répertoriés dans le tableau 2. Les mélanges réactionnels consistaient en un tampon PCR 1X, 1,5 mM MgCl2, 0,5 μM de chaque amorce, 0,2 mM de dNTP, 1 U de Taq DNA Polymerase Recombinant (Thermo Scientific) et 1 μL de F3 ou F4, utilisé comme matrice. Pour l'amplification de SCO7590, SCO0560, SCO3671 et SCO5820, les conditions PCR touchdown ont été appliquées comme suit : dénaturation initiale pendant 3 min à 95 °C, suivie d'un cycle de 45 s à 95 °C, 30 s à 66 °C et 45 s à 72 °C ; un cycle de 45 s à 95 °C, 30 s à 64 °C et 45 s à 72 °C ; un cycle de 45 s à 95 °C, 30 s à 62 °C et 45 s à 72 °C ; 30 cycles de 45 s à 95 °C, 30 s à 60 °C et 45 s à 72 °C. Une étape d'élongation finale à 72 °C pendant 10 min a mis fin au programme. Pour SCOr06, les conditions de cyclage thermique étaient de 94 ° C pendant 3 min, suivis de 30 cycles de 94 ° C pendant 45 s, 50 ° C pendant 1 min et 72 ° C pendant 90 s, et enfin 72 ° C pendant 10 min.

L'ADN de F3 a été séquencé par Genomix4life srl (Salerne, Italie) à l'aide de la plate-forme Illumina NextSeq550 avec un séquençage apparié de 2 × 150 pb. Des bibliothèques indexées ont été préparées avec un kit Nextera DNA Flex (Illumina Inc.). Les lectures ont été découpées à l'aide de Trimmomatic (v. 0.36.4)52 : l'adaptateur a été retiré à l'aide de l'option ILLUMINACLIP, puis le découpage a été effectué en deux étapes à l'aide des options SLIDINGWINDOW et MINLEN (réglé sur 90). Les lectures ajustées ont été assemblées à l'aide de SPAdes (v. 3.12.0)53 avec les options '—careful' et '—cov-cutoff' (réglé sur 'auto'). Les contigs d'une longueur> 1000 bp ont été échafaudés avec MeDuSa54 en utilisant les génomes de référence de Streptomyces coelicolor rapportés dans le tableau supplémentaire S1. FastANI (v. 1.3)55 a été utilisé pour calculer l'identité nucléotidique moyenne (ANI) des paires de gènes orthologues dans les génomes d'échafaudage et de référence.

Les lectures coupées ont finalement été cartographiées sur la séquence chromosomique de référence de S. coelicolor A3(2) (disponible dans GenBank avec le numéro d'accession AL645882.2) à l'aide de Bowtie2 (v. 2.4.2)56, et les lectures en double ont été supprimées avec le balisage Samtools (v 1.13)57. La couverture sur l'ensemble du génome a été calculée à l'aide de la fonction « genomecov » de BEDTools (v. 2.30.0)58 et les données ont été visualisées à l'aide du package Sushi R (v. 1.34.0)59. Toutes ces analyses ont été réalisées avec des logiciels disponibles sur la plateforme Galaxy60.

Les lectures de séquençage brutes qui appuient les résultats de cette étude ont été déposées dans la base de données Sequence Read Archive (SRA) avec le numéro d'accès SRR19648592 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR19648592). Le numéro d'accès BioProject est PRJNA849152.

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Ce travail a été en partie soutenu par le Département régional des activités productives, Région Sicile (projet BIAS, POFESR 2014/2020 n. 082015000275 à GG) et l'Université de Palerme (FFR 2019-2020 à GG). Le Centre ATeN (Med-CHHAB, PONa3 00273, Université de Palerme) est reconnu pour le support technique et l'accueil du laboratoire.

Département des sciences et technologies biologiques, chimiques et pharmaceutiques, Université de Palerme, 90128, Palerme, Italie

Teresa Faddetta, Giuseppe Gallo & Anna Maria Pouilles

École de biosciences et de médecine vétérinaire, Université de Camerino, 62032, Camerino, Italie

Alberto Vassallo

Département de biologie, Université de Florence, 50019, Sesto Fiorentino, Italie

Sara Del Duca et Renato Fani

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AMP et TF ont conçu le projet. TF a réalisé les expériences. AV et SDD ont analysé les données. TF et AV ont rédigé le projet de manuscrit. AMP, GG et RF ont révisé et édité le manuscrit. AMP, GG et RF ont supervisé le projet. AMP et GG ont financé le projet. Tous les auteurs ont approuvé l'article.

Correspondance à Alberto Vassallo.

Les auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.

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Réimpressions et autorisations

Faddetta, T., Vassallo, A., Del Duca, S. et al. Démêler les séquences d'ADN portées par les vésicules membranaires de Streptomyces coelicolor. Sci Rep 12, 16651 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-21002-z

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Reçu : 07 juillet 2022

Accepté : 21 septembre 2022

Publié: 05 octobre 2022

DOI : https://doi.org/10.1038/s41598-022-21002-z

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